System zarządzania siecią Natura 2000

Dyrektywa Siedliskowa nie precyzuje sposobu zarządzania siecią Natura 2000, pozostawiając pełną dowolność w rozstrzyganiu tych zagadnień państwom członkowskim Unii Europejskiej. Zarządzanie danym obszarem będzie zależało od kilku czynników, jak np. statusu ochronnego obszaru, stanu własności gruntów, przyzwolenia właścicieli gruntów prywatnych na wprowadzanie określonych zabiegów ochronnych. Artykuł 11 Dyrektywy Siedliskowej nakłada na nie jedynie obowiązek nadzorowania i monitorowania stanu ochrony siedlisk przyrodniczych i gatunków wymienionych w Załącznikach I i II Dyrektywy Siedliskowej oraz w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej.
Głównym odpowiedzialnym za sieć Natura 2000 w Polsce, tak jak za inne obszary chronione, jest Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska. Nadzoruje on funkcjonowanie obszarów Natura 2000 na terenie całego kraju (wydaje zalecenia i wytyczne, żąda informacji, kontroluje realizację ustaleń planu).
Na szczeblu wojewódzkim sieć podlega Regionalnemu Dyrektorowi Ochrony Środowiska (RDOŚ) jako reprezentantowi rządu w terenie. Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska koordynuje prace na obszarach Natura 2000 na terenie danego województwa. W jego kompetencjach też leży zawieranie umów z właścicielami gruntów. Znajdą się w nich zawarte wykazy niezbędnych działań, sposoby i terminy ich wykonywania oraz wartość rekompensaty za dochody utracone w wyniku wprowadzonych ograniczeń. RDOŚ wydaje także zezwolenia na przeprowadzenie inwestycji lub innych działań (mogących mieć wpływ na stan obszaru Natura 2000), na podstawie niezależnie wykonanej oceny wpływu tego działania na przedmiot ochrony (OOS) oraz po uzyskaniu opinii rad gmin, których dane przedsięwzięcie dotyczy. W razie potrzeby ustala zakres, miejsce termin i sposób wykonania kompensacji przyrodniczej oraz nadzoruje jej wykonanie.
Sprawowanie nadzoru nad poszczególnymi obszarami Natura 2000 zostało powierzone różnym podmiotom w zależności od własności gruntów, statusu ochronnego terenu itd. Do potencjalnie zainteresowanych zarządzaniem obszarami Natura 2000 mogą należeć: władze samorządowe; służby ochrony przyrody; administracja lasów państwowych; jednostki odpowiedzialne za gospodarkę wodną; właściciele prywatni zwłaszcza gruntów rolniczych, stawów, lasów; organizacje pozarządowe.
Funkcję sprawującego nadzór powierzono bardzo często dyrektorom parków narodowych, na których terenie utworzone zostały obszary Natura 2000. Często został im też powierzony nadzór nad terenami sąsiednimi, włączonymi do sieci, w szczególności w zakresie ochrony siedlisk przyrodniczych, gatunków roślin i zwierząt oraz realizacji ustaleń planu ochrony. W pozostałych przypadkach nadzór sprawują odpowiednie służby, np. administracji Lasów Państwowych.
Obszary Natura 2000 zostały ustanowiony w drodze rozporządzenia Ministra Środowiska, w którym zostały podane: nazwa, powierzchnia, położenie, cel i przedmiot ochrony. Szczegółowe ustalenia dotyczące ochrony zostaną opracowane w planie ochrony. Plan taki musi zostać sporządzony w ciągu 5 lat od utworzenia obszaru i uzgodniony z odpowiednimi radami gmin. Na obszarach Natura 2000, które obejmują też teren parku narodowego, krajobrazowego, obszar zarządzany przez Lasy Państwowe, plany ochrony i urządzania lasu powinny być ze sobą zgodne. Zaprojektowanie, a następnie koordynowanie wykonania planu ochrony, należy do sprawującego nadzór nad obszarem. Do jego obowiązków ponadto należy monitorowanie stanu ochrony siedlisk i gatunków, z uwzględnieniem siedlisk i gatunków o znaczeniu priorytetowym, a także sprawozdawczość i raportowanie (co 6 lat w przypadku obszarów specjalnej ochrony siedlisk SOO, i co 3 lata w przypadku obszarów specjalnej ochrony ptaków OSO).