Finansowanie programu Natura 2000

Zgodnie z art. 6 p. l i art. 8 p. l Dyrektywy Siedliskowej finansową odpowiedzialność za utworzenie i utrzymanie sieci Natura 2000 ponoszą państwa członkowskie.
Finansowanie poszczególnych obszarów Natura 2000 jest zróżnicowane w zależności od statusu ochronnego terenu.
Największe koszty funkcjonowania sieci Natura 2000 przewiduje się w związku z wykonywaniem zaplanowanych zabiegów ochrony czynnej, mających formę działań gospodarczych podejmowanych przez indywidualnych rolników. Koszty te to rekompensaty za utracone korzyści oraz wynagrodzenia za działania na rzecz ochrony przyrody. Rekompensaty dla osób fizycznych będą wypłacane po podpisaniu umów cywilnoprawnych, przez osoby decydujące się na przystąpienie do programu Natura 2000. W umowach tych będzie ujęta przewidziana wysokość rekompensaty, a także termin i zakres prac, do których dana osoba się zobowiązuje.
W myśl generalnej zasady obowiązującej w zakresie wdrożenia programu ciężar finansowy ustanowienia obszaru Natura 2000 na danym terenie nie może spoczywać na jego właścicielu. Konieczne jest zatem poszukiwanie pozabudżetowych źródeł finansowania programu. Należą do nich przede wszystkim programy rolnośrodowiskowe. W części finansować je będzie Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi, ze środków uzyskanych w ramach pomocy z Unii Europejskiej (Unia Europejska powołała fundusz EAGGF /Europejski Fundusz Gwarancji i Orientacji Rolnej, który wspiera użytkowników obszarów pod-danych reżimowi ochronnemu).
Źródłem finansowania mogą być także różne krajowe fundusze, takie jak: wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej, Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej itp. Administracja obszarów Natura 2000 może do nich składać wnioski o finansowanie konkretnych działań ochronnych lub inwestycji służących ochronie przyrody pod kątem wymagań Dyrektywy Siedliskowej.
W art. 8 Dyrektywy Siedliskowej Unia Europejska zobowiązała się ponadto do pomocy finansowej w utrzymaniu siedlisk przyrodniczych i gatunków o znaczeniu priorytetowym. Pomoc ta będzie udzielana na drodze porozumienia z państwem członkowskim. Trwają dyskusje nad sposobem finansowania sieci Natura 2000 w całej Europie, ze względu na znacznie większe niż pierwotnie zakładano, koszty jej utworzenia i utrzymania. (Według szacunków, koszty ponoszone przez Unię w związku z działaniem sieci Natura 2000 wynoszą 6 miliardów euro rocznie.)
Uznano konieczność udzielenia silniejszego wsparcia państwom członkowskim w tym zakresie i m.in. proponuje się przekształcenie funduszu Life Nature w nowy instrument Life+, tak aby możliwe było finansowanie tych działań związanych z siecią Natura 2000, których nie obejmą fundusze rozwoju obszarów wiejskich i Fundusz Spójności.
Pieniądze „europejskie” mogą pochodzić także z funduszy unijnych przeznaczanych na leśnictwo, gospodarkę wodną, turystykę, zmiany w strukturze przemysłu poszczególnych regionów i inne działania, pod warunkiem, że będą one powiązane z przemianami korzystnymi dla przyrody. Brane jest pod uwagę utworzenie w przyszłości nowego funduszu Natura, lecz jest to trudne do urzeczywistnienia.